葉綠素是藻類重要的組成成分之一，且所有的藻類均含有葉綠素a,葉綠素a含量的高低與該水體中藻類的種類、數(shù)量等密切相關(guān),也與水環(huán)境質(zhì)量有關(guān)。因此通過測定水體中葉綠素a含量能夠在一定程度上反映水質(zhì)狀況。近年來,葉綠素在水體富營養(yǎng)化評價中也正發(fā)揮著愈來愈顯著的作用。
高等植物葉綠體中的葉綠素主要有葉綠素a 和葉綠素b 兩種。它們不溶于水，而溶于有機溶劑，如乙醇、丙葉綠素化學(xué)器材酮、乙醚、氯仿等。葉綠素a分子式：C55H72O5N4Mg；葉綠素 b分子式：C55H70O6N4Mg。在顏色上，葉綠素a 呈藍綠色，而葉綠素b 呈黃綠色。按化學(xué)性質(zhì)來說，葉綠素是葉綠酸的酯，能發(fā)生皂化反應(yīng)。葉綠酸是雙羧酸，其中一個羧基被甲醇所酯化，另一個被葉醇所酯化。
葉綠素分子含有一個卟啉環(huán)的“頭部”和一個葉綠醇的“尾巴”。鎂原子居于卟啉環(huán)的中央，偏向于帶正電荷，與其相聯(lián)的氮原子則偏向于帶負電荷，因而卟啉具有極性，是親水的，可以與蛋白質(zhì)結(jié)合。葉醇是由四個異戊二烯單位組成的雙萜，是一個親脂的脂肪鏈，它決定了葉綠素的脂溶性。葉綠素不參與氫的傳遞或氫的氧化還原，而僅以電子傳遞（即電子得失引起的氧化還原）及共軛傳遞（直接能量傳遞）的方式參與能量的傳遞。
卟啉環(huán)中的鎂原子可被氫離子、銅離子、鋅離子所置換。用酸處理葉片，氫離子易進入葉綠體，置換鎂原子形成去鎂葉綠素，使葉片呈褐色。去鎂葉綠素易再與銅離子結(jié)合，形成銅代葉綠素，顏色比原來更穩(wěn)定。人們常根據(jù)這一原理用醋酸銅處理來保存綠色植物標本。葉綠醇是親脂的脂肪族鏈，由于它的存在而決定了葉綠素分子的脂溶性，使之溶于丙酮、酒精、乙醚等有機溶劑中。由于在結(jié)構(gòu)上的差別，葉綠素a呈藍綠色，b呈黃綠色。在光下易被氧化而退色。葉綠素是雙羧酸的酯，與堿發(fā)生皂化反應(yīng)。
葉綠素不很穩(wěn)定，光、酸、堿、氧、氧化劑等都會使其分解。酸性條件下，葉綠素分子很容易失去卟啉環(huán)中的鎂成為去鎂葉綠素。葉綠素溶液能進行部分類似光合作用的反應(yīng)，在光下使某些化合物氧化或還原。人工制備的葉綠素膜在光下能產(chǎn)生光電位和光電流，也能催化某些氧化還原反應(yīng)。
水中葉綠素濃度是浮游生物分布的指標，是衡量水體初級生產(chǎn)力和富營養(yǎng)化作用的最基本的指標。葉綠素分為葉綠素a和b，當(dāng)前研究更關(guān)注葉綠素a的濃度。水質(zhì)葉綠素監(jiān)測相關(guān)國標包括HJ 897－2017 水質(zhì) 葉綠素a的測定 分光光度法和SL 88-2012 水質(zhì) 葉綠素的測定 分光光度法。
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